公元199年十二月，袁术准备率部北上投奔袁绍。不愿袁氏兄弟联手对付自己的曹操，当即命刘备领军前去攻打袁术。令曹操没有想到的是，袁术兵败后，刘备却趁机诛杀车胄占领徐州。公元200年正月，有人向曹操密报，车骑将军董承奉汉献帝密诏，与偏将军王服、越骑校尉种辑密谋，他们想要伏杀曹操。曹操得知消息后，当即派人将董承等人擒杀、屠灭三族。
随后曹操又将另一个女儿许配给了汉献帝，以求进一步控制、监视汉献帝。解决完内部隐患的曹操，准备擒杀叛徒刘备。自知不是曹操对手的刘备，赶紧转为投靠袁绍。刘备投靠袁绍后，袁绍对外宣称自己得到了汉献帝，诛除权臣曹操的衣带诏。不管袁绍是否矫诏，都给人留下一个印象——汉献帝的密诏是刘备送给袁绍的。官渡之战结束后，弥留之际的郭嘉建议曹操：不要继续追杀袁绍诸子，袁绍诸子会陷入内斗，主公当务之急，是北征乌桓统一北方。
征服乌桓，统一北方后，曹操又干了两件事：一、继续追杀刘备（当阳兵败）。二、南下收服刘琮及其麾下水军（荆州水军）。诸葛亮深知紧靠刘备自己是无法抵御曹魏大军，急忙前往柴桑去劝说孙权。诸葛亮希望孙刘能够结盟，共同抵御曹操。诸葛亮的行动有一定的合理性，因为挟大胜之威的曹操，下一个要对付的人就是孙权。想要统一天下的他，必须消灭最后一股对其构成威胁的势力：东吴。东吴群臣却觉得曹操率军南下是想诛杀叛徒刘备，夺回衣带诏。东吴不应该与刘备结盟，蹚这摊浑水。
见到孙权后，诸葛亮说了一番话，让孙权认清眼前事实：“我家主公带着百姓逃难尽显仁义。曹操占领东吴，东吴群臣只不过是换个主公效忠，但您东吴之主的地位必将不保”。就在孙权被诸葛亮说得犹豫不决时，曹操派人给孙权送去了一封信。信的大致意思为：“孤奉命伐罪，大军南下，刘琮束手就擒。如今坐拥八十万水军的孤，想与吴侯会猎与东吴江上”。这就是说得到刘琮麾下水军的曹操有些骄傲自满，他派人给孙权送去了一封战书。孙权看完才明白，即使将刘备交给曹操，曹操也不会放过自己。因为曹操的最大目标是攻占东吴。
既然一定要打，那就只剩下商量具体的作战细节了。于是孙权便将周瑜招来，商量如何抵抗曹操。东吴群臣得知信件内容后，也转舵开始劝说孙权归顺曹操。眼见群臣的态度，孙权心想不幸被诸葛亮说中了。恼羞成怒的孙权当即砍翻桌案表态：“任命周瑜为东吴大都督，统率东吴全军抵抗曹操。鲁肃从旁协助周瑜，孤与曹贼势不两立”。随后诸葛亮又以刘备的皇叔身份，以及衣带诏为谈判筹码，向孙权讨借荆州。刘备虽然实力弱小，但孙权可以借助刘备的身份以及衣带诏占据大义。因此孙权便同意了诸葛亮的请求，借出荆州与刘备结盟。
孙刘结盟后，率军驻守樊口的刘备，每天都在隔江观望吴军的动向。某天周瑜前来拜见刘备，并询问刘备麾下可用之兵有多少？刘备回答：“约为三万”。当时孙权派给周瑜的人马也只有五万。觉得联军人数不占优的周瑜，与诸葛亮商议后决定，使用火攻之计偷袭对付曹操。
公元208年十二月，集结起来的孙刘联军逆水而上，行至赤壁，与正在渡江的曹魏大军相遇。当时曹魏大军不但瘟疫横行，且新编的水军还和刚刚归顺的荆州水军完全没有配合，因此曹军士气低迷。一经交战，曹操麾下的水军就被船快箭礼的东吴水军击败。无奈的曹操只好下令，放火焚烧战船，以阻截紧追不舍的孙刘联军。随后兵败的曹魏水军，抵达江北与陆军会合。
将战船停靠在乌林东侧的曹操，下令麾下水军继续操练，并依靠有利地形，严防联军的偷袭。另一边，周瑜下令联军，将战船停靠在赤壁南岸，隔江与曹军对峙。为了解决陆军水性不佳的缺点，曹操随后又命人将战船连接起来。不想某天深夜，周瑜率领联军，利用燃烧的战船，偷袭北岸的曹军大营。再次兵败后，眼见曹军大量战船被焚毁，兵卒士气低迷，觉得继续作战，自己讨不到便宜的曹操，当即下令撤军离开东吴。这就是曹操赤壁兵败的经过，虽然曹军损失惨重，但曹操却没有小说描写得那么狼狈。
